Hola Heber, por si te sirve...
en la biblio en que trabajo realizamos una migración a KOHA, a partir de Aguapey levantando la base desde Winisis. Te cuento por si te sirve.
Imprimos la base a un txt levantándola desde Winisis (vos ya la tendrías allí), convertimos el formato de salida a UTF8 sin BOM, y después con programas para trabajar con archivos de texto borramos líneas que no necesitábamos (en nuestro caso con Sed, desde Debian), agregamos líneas que sí necesitábamos (como las cabeceras LDR, el 942) y con Gedit o cualquier otro editor de textos hicimos cambios masivos (por ejemplo, cambiar los nombres y puntuación de los campos a Marc).
Finalmente empezamos a subir la base (en partes). Guardamos archivos .txt como .mrk y éste último lo convertimos con MarcEdit a .mrc (archivo marc para subir a KOHA)
De paso, hacer todo este proceso nos sirvió para ir haciendo correcciones en toda la base de datos.
Saludos, Sol