> ¿el número de registro de los documentos es el biblionumber?
Si, es el número interno que Koha le asigna a un registro bibliográfico.
> ¿el número de registro es independiente para cada tipo de item?
No hay relación entre el biblionumber, el tipo de registro o el ítem. Es decir, vas a tener un biblionumber para cada registro en forma automática, conviene que a cada ítem físico le corresponda un ítem en Koha (para poder circularlo), cada item va a tener su propio itemnumber autoasignado, y conviene que cada registro o cada ítem (eso se configura) tena asociado un tipo de ítem (para poder definir reglas de circulación).
> ¿la signatura local se corresponde con la etiqueta 090?
Así está definido en el formato Marc21. Pero ese campo por lo general no se utiliza. Deberías tener un registro de ítem para cada objeto físico. Es decir, si tenés 20 ejemplares de "Introducción a la teoría del caos", deberías cargar un (1) registro bibliográfico con los datos generales de la manifestación y 20 registros de item. Si tenés "La gran enciclopedia de las dudas" en cinco volúmenes, deberías cargar cada volumen como un ítem independiente. Y se tenés la "Revista argentina de teoría de la catalogación", conviene que cargues cada número como ítem (dije: conviene).
Los datos de cada ítem se cargan en el campo Marc 952, pero Koha lo maneja por separado. La signatura topográfica de cada ítem se carga en el subcampo "o" del campo 952.
> ¿el código de centro catalogador lo creo yo?
Nadie te impide hacerlo, pero si vas a compartir tus registros bibliográficos (nunca se sabe lo que traerá el futuro), te conviene solicitar un código internacional en
https://www.loc.gov/marc/organizations/form-spa.html (abajo está el link al formulario, pero te conviene leer las explicaciones primero)
> ¿qué son las fuentes de clasificación y las reglas de archivo de clasificación?
Las fuentes de clasificación son los sistemas de clasificación que vas a usar. Eso es importante para que después te alfabetice correctamente listados basados en signaturas topográficas.